Vědecká rada CEFRESu se skládá z osmi členů, kteří jsou vždy po dvou jmenováni Univerzitou Karlovou v Praze, Akademií věd České republiky, francouzským Ministerstvem Evropy a zahraničních věcí a výzkumným centrem CNRS.
Vědecká rada má za cíl:
- dohlížet na vědeckou politiku spolupráce, jedná se o poradní orgán ředitele CEFRESu v otázce vědeckých projektů;
- hodnotit kandidatury na pozici ředitele CEFRESu;
- účastnit se na hodnocení uchazečů o pozice vedoucích projektů nebo výzkumných pracovníků přidružených k CEFRESu.
Členové vědecké rady
- Emmanuelle Boulineau (docentka v École normale supérieur, Lyon)
- Rudolf Kučera (Masarykův ústav a Archiv AV ČR) nebo jeho zástupkyně Taťána Petrasová
- Frédéric Joulian (docent na EHESS, Centrum Norberta Eliase)
- Jan Maršálek (Filosofický ústav Akademie věd České republiky)
- Guillaume Métayer (CNRS, CELLF Université Paris-Sorbonne/CNRS)
- Michel Perottino (docent na Fakultě sociálních věd Univerzity Karlovy)
- Eva Voldřichová-Beránková (docentka na Filosofické fakultě Univerzity Karlovy)
Přidružení členové
- Solène Marié (odpovědná pracovnice pro mezinárodní spolupráci, zástupkyně za UMIFRE, INSHS, CNRS)
- Florence Chambon (projektová manažerka DUE, MEAE)
- Sylvie Demurger (odpovědná pracovnice oddělení “Europe et International”, INSHS, CNRS)
- Leonor Guy (redaktorka monitorující CEFRES (MEAE/ESR), nahrazena 1. září 2019 Manon Lainé-Silas
- Jérôme Heurtaux (ředitel CEFRESu)
- Olivier Jacquot (redaktor Réseau, MEAE)
- Stanislas Mrozek (Rada pro kulturu a spolupráci IFP, Velvyslanectví Francie v Praze)
- Francis Prost (MESRI)
- Maëlle Sergherart (vedoucí odboru humanitních a společenských věd a archeologie)


